南京口碑比較好的醫院是南京醫科大學第一附屬醫院、南京鼓樓醫院、東南大學附屬中大醫院，南京醫科大學第一附屬醫院是國家住院醫師規范化培訓示范基地，在2019年度全國三級公立醫院績效考核中，居全國第21位，并且連續兩年位居復旦版榜第22名，2022年有4個專科進入全國排名前10，有13個專科獲得聲譽提名。南京鼓樓醫院在國家三級公立醫院績效考核中連續三年位列全國第一方陣。東南大學附屬中大醫院在2021年度復旦版榜排第46名。
南京醫科大學第一附屬醫院是江蘇省屬三級甲等綜合性醫院，是國家住院醫師規范化培訓示范基地。在2019年度全國三級公立醫院績效考核中，居全國第21位；在復旦大學醫院管理研究所發布的2020年度《中國最佳醫院綜合排行榜》中，列全國第22位，有4個專科進入全國排名前10，有13個專科獲得聲譽提名。該醫院在復旦版《2021年度中國醫院綜合排行榜》中排名第22。
南京鼓樓醫院是中國最早的西醫院之一，是江蘇區域現代醫學的搖籃，現已發展成為學科門類齊全、師資力量雄厚、醫療技術精湛、科研實力較強的大型綜合性三級甲等醫院，各項工作走在行業前列。醫院在國家三級公立醫院績效考核中連續三年位列全國第一方陣，并入選全國公立醫院高質量發展試點醫院。該醫院在復旦版《2021年度中國醫院綜合排行榜》中排名第35。
東南大學附屬中大醫院是直屬的國家“雙一流”A類、“985工程”、“211工程”重點建設大學附屬醫院，也是江蘇省首批通過評審的綜合性三級甲等醫院。擁有國家臨床重點專科、江蘇省重點學科等，先后榮獲國家臨床教學示范中心、江蘇省“文明單位”草譽稱。該醫院在復旦版《2021年度中國醫院綜合排行榜》中排名第46。
總醫院是一所綜合性三級甲等醫院。擁有國家重點學科、國家（全軍）臨床藥理基地、全軍器官移植及腎臟病重點實驗室、全軍“重中之重”學科等。整體醫療技術水平較高，尤其是在心肺腦復蘇、腎小球疾病、小腸移植等方面，均取得了顯著成效。
南京市第一醫院是原首批三級甲等綜合性醫院，是國家高級卒中中心、國家藥物臨床試驗機構、國家首批心臟移植準入醫院、國家首批工傷康復試點機構。醫院科室設置完善，醫療水平精湛，先后獲得“全國文明單位”“中國醫學科學抗疫先進醫療隊”草譽稱。
南京腦科醫院是我國最早的國立腦醫學專科醫院，為國家精神區域醫療中心創建單位。醫院整體實力位于全國前列，其中精神科為首批國家臨床重點專科，精神科及亞專科門診量居全國第二位。在2021年度公布的復旦版醫院專科排行中，精神醫學連續12年位居專科聲譽和專科綜合排行榜全國第6位。
南京市第二醫院是集醫療、教學、科研、預防為一體，以“精專科、強綜合、重防治、應突發”為特色的三級甲等醫院。設有心血管內科、感染病科、肝病科等科室，以精湛的醫療技術提供全面、優質的綜合醫療服務，醫療服務輻射至全省及周邊省市。
江蘇省中醫院為全國首批成立的省級中醫醫院之一，首任院長葉橘泉為中科院學部委員。醫院不斷提高重危及疑難病癥的診治能力，加強中西醫結合工作，綜合實力顯著增強，學術水平和診療能力不斷提升，持續保持在全國中醫系統的領先地位，現已成為全國著名具有濃厚文化底蘊的大型綜合性三級甲等中醫院。
江蘇省中西醫結合醫院是專業從事中醫藥研究的省屬公益類科研機構、綜合性三級甲等中西醫結合醫院，同時還是全國重點中西醫結合醫院、國家藥物臨床試驗機構。擁有國際國內領先的醫療設備，可常規開展脊柱微創治療、心血管介入、冠脈搭橋等先進的診療技術。
南京醫科大學附屬江寧醫院是一所三級甲等綜合醫院，是國家級心衰中心、顫中心、高級卒中中心、中國高血壓達標中心和國家級腦出血外科診療中心。配備了全國領先的先進醫療設備，擁有專業的技術人才，可為患者提供更加高效、精準的診斷和治療。
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